一、氏族制度時期

十四世紀之前，菲律賓群島尚未形成國家，多以土著部落形式存在。據《吳時外國記》記載，最早到達菲律賓群島的國家力量，是中國三國時期的東吳。

公元226年，東吳宣化從事朱應、中郎康泰浮海巡撫東南亞，抵達過越南、柬埔寨和南洋群島等地，也曾到過今菲律賓境內的臣延、耽蘭和杜薄。 

二、蘇祿蘇丹國建立

1390年，蘇門答臘島移民米南加保人建立了菲律賓歷史上第一個國家——蘇祿蘇丹國。國境位于今菲律賓南部棉蘭老穆斯林自治區西端的蘇祿群島，還有巴西蘭省、塔威塔威省中間，巴拉望島、婆羅洲北部及其他環蘇祿海周圍的群島。首都位于和樂。

1417年，蘇祿群島上的三位國王東王巴都葛叭哈喇、西王麻哈喇葛麻丁、峒王巴都葛叭喇卜率領家眷一行340人組成使團，前往中國進行訪問，受到明永樂皇帝朱棣的接待。歸國至山東德州，東王巴都葛叭哈喇因病醫治無效，遺命留葬中國。明成祖派禮部郎中陳士啟前往祭奠，以國王禮節將扒哈剌葬于德州，并賜謚號“恭定”。安葬扒哈剌后，西王、峒王一行辭別歸國，而東王一家除長子都馬含回國嗣位外，其余家屬包括王妃葛本寧、叭都葛蘇性，次子安都祿、三子溫哈剌等10人留德州守墓。

1450年，阿拉伯商人賽義德·艾布伯克爾在菲律賓南部建立了伊斯蘭政權。

三、西班牙統治時期

1521年，麥哲倫探險隊于地理大發現首次環球航海時抵達菲律賓群島。

1565年，宿霧島為來自墨西哥的西班牙人所占領，此即西班牙統治菲律賓的開始。菲律賓之名，乃自當代西班牙國王菲利普二世而來。

1726年，蘇祿國王再次遣使到清廷朝貢。

1851年，西班牙侵占和樂島，清朝與藩屬國蘇祿王國的交往中斷。

四、美國殖民統治時期

1898年，美西戰爭爆發；6月12日菲律賓宣告獨立，成立菲律賓共和國。之后西班牙戰敗，簽署“巴黎和約”，美國接收菲律賓，改由美國統治。

1935年3月24日，建立菲律賓自治邦。

五、菲律賓共和國時期

日軍于1942年1月2日占領馬尼拉；4月9日攻下巴丹半島；5月10日，駐棉蘭老島和北呂宋山區的美軍投降。18日，駐班乃島美軍投降。至此，日軍控制菲律賓全境。

1943年10月14日，日本占領軍扶植勞威爾成立了一個傀儡政權，史稱菲律賓第二共和國（1943年-1945年），正式名稱為菲律賓共和國。

第二次世界大戰結束后，菲律賓再次淪為美國殖民地。

六、獨立建國時期

1946年7月4日，美國同意菲律賓獨立，菲律賓獲得完全獨立。此后，自由黨和國民黨輪流執政。

1965年，馬科斯就任二戰后第六任總統。

1971年，斐迪南·馬科斯成功連任，同年取消總統任期只有兩屆的限制；未久即宣布戒嚴，開始獨裁統治。

1986年2月7日，提前舉行總統選舉，貝尼格諾·阿基諾的夫人科拉松·阿基諾在民眾、天主教會和軍隊的支持下出任總統。

1992年，菲德爾·瓦爾德斯·拉莫斯勝選，科拉松·阿基諾和平轉移政權。

1998年5月，約瑟夫·埃斯特拉達當選總統。

2001年1月，埃斯特拉達因受賄丑聞被迫下臺，副總統阿羅約夫人繼任。

2010年6月9日，自由黨總統候選人貝尼尼奧·阿基諾三世當選菲律賓第15任總統；30日宣誓就職。

2015年10月28日，菲律賓當選聯合國人權理事會成員，任期自2016年至2018年。 

2016年6月，民主人民力量黨候選人杜特爾特就任菲第16任總統。 

2018年7月3日，菲律賓修憲咨詢委員會22名法官全票通過《聯邦憲法草案》最終版本，為菲律賓劃分為18個聯邦區掃清障礙。《聯邦憲法草案》提議將菲律賓政體改為聯邦制，地方將有更大的自治權，但仍會保留總統及副總統職位。

2018年3月16日，菲律賓已正式通知聯合國退出國際刑事法院的決定。2019年3月17日，菲律賓正式退出國際刑事法院。